Emilim ve sindirim bozukluğunun derecesine bağlı olarak Çölyak hastalığı çocuklarda ve erişkinlerde farklı belirtilerle kendini gösterir. Çocuklarda gelişme ve büyüme geriliği çölyak hastalığının erken bulgusu olabilir. Karın ağrısı, bulantı, kusma, ishal, huysuzluk, uyuklama, davranış bozuklukları ve okulda başarısızlık görülebilecek diğer belirtilerdir. Bulguların ortaya çıkması ve şiddetlenmesi yıllar sürebilir. Çölyak hastalığı erişkinlerde genellikle 30-40 yaş civarında ortaya çıkarsa da daha ileri yaşlarda da görülebilir. Hastalıklı kişilerde belirtiler iki şekilde kendini gösterir:

Emilim bozukluğuna bağlı olanlar
Besin, mineral ve vitamin eksikliğine bağlı olanlardır.
Hastalarda temel besin kaynakları olan; protein, karbonhidrat ve yağ emilimi bozulmuştur ve en ciddi emilimi bozulan ise yağlardır. Yağ emiliminin bozulması sonucu hastalarda ishal ve şişkinlik şikayetleri ortaya çıkabilir. Karbon hidrat emilim bozukluğu sonucu ise hastalarda laktoz intoleransı ortaya çıkar, bu durum sütlü yiyecekler sonrası hastalarda karın ağrısı ve şişkinlik gibi şikayetlere neden olabilir.
Hastalarda beslenme bozukluğu, vitamin ve mineral yetersizliğine bağlı olarak;
Zayıflama ve ödem
Kansızlık (demir ve B12 vitamin eksikliği)
Kemik erimesi (osteoporoz)
Kolay çürüme (K vitamin eksikliği)
Sinir hasarı =periferik nöropati (B12 ve B1 vitamin eksikliği)
Kısırlık (adet bozukluğu, düşükler)
Kas güçsüzlüğü (potasyum, magnezyum yetersizliği)
Saç dökülmesi
İştahsızlıktır.